Ahvenenella on pitkä kutuaika. Kutu alkaa tyypillisesti toukokuun alusta ja jatkuu aina heinäkuun alkuun.

Ahvenella on tehokas lisääntyjä. Kutukypsyysikä saavutetaan jo melko varhain. Koiraat ovat kutuvalmiita 3-5 vuodessa, jolloin ne ovat reilun kymmenen sentin pituisia, naaraat 5-6 vuotiaana ja noin 15 cm pituisina.

Yksi 30 cm pituinen naaras voi  laskea jopa 50 000 mätimunaa. Suurin osa mätimunista hedelmöityy, mikä onkin yksi tehokaan lisääntymisen keinoista. Lisäksi naaraiden on todettu jäävän vartioimaan hedelmöitettyjä mätimuniaan muutamaksi tunniksi.

Tyypillinen kutuympäristö on  0,5-3 m syvyinen lahden poukama, jonka pohjassa on paljon kasvillisuutta tai risukkoa. Mäti on rihmamaisena nauhana kiinnittyneenä vesikasveihin tai risuihin. Mätipalloja ympäröivä lima suojaa infektioilta ja muilta kaloilta. Limassa on pahanmakuinen ainesosa, joka karkottaa mädinsyöjät lähettyviltä.